Die Schweiz anerkannte die Unabhängigkeit Pakistans sogleich nach deren Verkündigung 1947. 1949 nahmen die beiden Staaten diplomatische Beziehungen auf. 1966 unterzeichneten sie ein Abkommen zur technischen Zusammenarbeit, das 1975 durch ein Abkommen zur Katastrophenhilfe ergänzt wurde. Nachdem Pakistan zum Schwerpunktland der Entwicklungszusammenarbeit geworden war, eröffnete die Direktion für Entwicklung und Zusammenarbeit 1977 in Islamabad ein Koordinationsbüro.

Während dem Konflikt um Bangladesch zwischen Indien und Pakistan (1971) vertrat die Schweiz die Interessen Pakistans in Indien und jene Indiens in Pakistan. In den 1970er und 1980er Jahren schloss sie mit Pakistan mehrere Umschuldungsverträge ab.

Heute ist Pakistan ein wichtiger Partner der Schweiz in Asien. Eine Reihe von wirtschaftlichen Abkommen erleichtert die Geschäftstätigkeit. Die Entwicklungszusammenarbeit nimmt weiterhin einen wichtigen Platz ein.